История начинается в последние годы правления Ивана Грозного. Борис Годунов приходит к Малюте Скуратову и оказывается при царском дворе, где встречается с Федором Романовым, Василием Шуйским и Марией Скуратовой. На фоне опричнины, казней и борьбы за влияние семья Годуновых занимает заметное место в Москве.
После смерти Ивана Грозного престол переходит к Федору Иоанновичу, а Борис становится одной из главных фигур государства и позже получает царский престол. Во второй части страна входит в Смутное время: появляются самозванцы, боярские распри усиливаются, начинаются народные волнения и борьба за власть, ведущая к избранию Михаила Романова.